17. juunil 1940 marssis punavägi Eestisse. Samal päeval saadeti malevatesse Kaitseliidu ülema raadiogramm, milles kästi kõik kaitseliitlaste käes olevad relvad kokku korjata ja koos malevate ladudes seisvate relvadega sõjaväe ladudesse ära anda. Kaitseliidu likvideerimine oli alanud.
27. juunil 1940 andis vabariigi president välja Kaitseliidu likvideerimise seaduse, Kaitseliidu varad (Kaitseliit oli enne 1940. aastat Eesti Evangeelse Luteri Kiriku järel suurim maa- ja kinnisvaraomanik Eestis) läksid Eestimaa Kommunistlikule Parteile. Kaitseliidu kardetavust näitab see, et esimestena langesid N. Liidu repressiivorganiste ohvriks just Kaitseliidu juhtivad ohvitserid. Hiljem osalesid kaitseliitlased vastupanuliikumises metsavendadena nii 1941. aastal, aga ka pärast 1944. aastat. Vaatamata nende aktiivsele tegevusele puudus organisatoorne tervik.